Scooby e dei suoi amici sono alle prese con un misterioso uomo mascherato che semina il panico nella città di Coolsville con una macchina mostruosa, capace di ricreare i classici avversari della Misteri e Affini, come il Fantasma Pterodattilo, il Fantasma del Cavaliere Nero, il Fantasma di Capitan Cutler e il Fantasma da 10.000 Volt. Pressati dall'implacabile giornalista Heather Jasper-Howe e dai terrorizzati cittadini di Coolsville, i ragazzi iniziano un'indagine sul misterioso attacco che lascia interdetti Shaggy e Scooby sul loro ruolo nella Misteri e Affini...